En 1996 editó Say no more, que fue lanzado al mercado desde su propio sello discográfico, también llamado Say No More. El álbum reúne temas del autor con obras instrumentales que habían sido escritas para la película Geisha, pero no fueron incluidas en la banda sonora por diferencias con el director. El álbum marca un concepto nuevo para García, pero los fans de toda la vida de Charly no eran muy aficionados a el nuevo estilo. Hoy, sin embargo, el álbum se considera una obra de culto, y "Say no more" se transformó en el lema clásico de Charly y de toda su música. En 1997 graba junto a Mercedes Sosa un disco de canciones propias interpretadas por la Negra, titulado Alta fidelidad. Ambos se conocían desde su infancia, por lo que decidieron publicar un trabajo colaborativo en el que Mercedes iba a cantar sus canciones favoritas de García. En 1998 presentó el disco El aguante en Buenos Aires. El álbum cuenta con «Kill my mother», canción dedicada a la madre de Charly, Carmen Moreno. Esta producción contó con muchos covers traducidos al español por García, como "Tin Soldier" (Small Faces), o "Roll Over Beethoven" (Chuck Berry). Una canción significativa que no se incluyó fue "A Whiter Shade of Pale", originalmente publicada por Procol Harum, banda que Charly siempre había admirado. Después de esta interrupción en su carrera como solista, en el 2002, Charly sacó a la venta Influencia, primer trabajo de Charly como artista del sello EMI. El mismo cuenta con 13 canciones, la mayor parte del propio García, contando dos versiones y una instrumental. Además toca casi todo los instrumentos, salvo colaboraciones de algunos de los integrantes de su banda y dos participaciones estelares, entre ellos el guitarrista Tony Sheridan. Este disco contiene algunas canciones interesantes que tuvo un impacto en el mundo del rock latinoamericano, tales como "Tu Vicio", "Influencia" (de Todd Rundgren) y "I'm Not in Love" (con Tony Sheridan). A pesar de que incluía canciones viejas como "Happy and Real" (de Tango 4) o "One to one" (de El aguante), fue muy bien recibido por la crítica. En el año 2003 presenta Rock and roll yo, álbum con once temas y cuyo corte de difusión es «Asesíname», acompañado por la actriz Celeste Cid en el video. El álbum fue dedicado a su exguitarrista y amiga, María Gabriela Epumer, quien había fallecido en junio de ese mismo año, producto de un paro cardiorrespiratorio. Las canciones no eran tan buenas como las de Influencia, su voz suena a menudo fuera de tono y, una vez más, el álbum contiene también muchas versiones y covers como "Linda Bailarina" ("Pretty Ballerina", de Michael Brown) o "Wonder" ("Love's In Need Of Love" de Stevie Wonder). Esta vez, sus espectáculos no eran tan convincentes, y la ausencia de Epumer podía ser sentida por los fans. A fines del 2006 comenzaron a circular por internet «adelantos» de Kill Gil, el nuevo disco de Charly. La compañía discográfica se negó a publicar oficialmente el material al asegurar que «ya fue descargado por todo el mundo». El propio García denunció que fue traicionado e incluso sugiere que se trató de una «maldad» de su propio hijo, el músico Migue García. Finalmente, con cuatro años de demora, en diciembre de 2010 anunciaron la edición de Kill gil, con 11 temas y un DVD con animaciones de las pinturas hechas a mano por Charly durante el proceso de composición del álbum.