La únicas sería que gestiones tus archivos manualmente, ya que a la hora de sincronizar, como su nombre lo indica, es copiar los archivos de una biblioteca de iTunes a tu iDevice, y sólo es válido con una PC o Mac, así que si sincronizas con otra PC, pierdes los archivos de la sincronización anterior. Algo bueno sería que en tu PC desactives todo lo que es sincronización y activar "Gestionar Música y Videos Manualmente" en la ventana "Resumen" del iDevice, luego puedes pasar lo que quieras de la otra compu sin problemas.