hay varias formas , con un modulo personalizado html si lo necesitas en un modulo , o tambien con modulos como :

http://extensions.joomla.org/extensions/core-enhancements/flash-management/366

http://extensions.joomla.org/extensions/core-enhancements/flash-management/10664

esos son free

y si es en un articulo desde el editor se puede hacer , solo con extender el editor que trae por defecto joomla . se va al gestor de plugins/Editor - TinyMCE/en los parametros del pulgin , en funcionalidad se escoge extendido y ya el editor nos muestra la opcion para insertar flash .

hay tantas formas que no se me viene a la mente ninguna, especifica.

lo mejor es con el editopr html, cargas el flash con el tamaño que quieras y lo ubicas donde queres ya que es un modulo !...saludos

<object classid="clsid27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="32" height="32">
<param name="movie" value="archivo.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<embed src="archivo.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="32" height="32"></embed>
</object>

Como Modulo Personalizar Html anda de luyo!

http://www.webtaller.com/construccion/lenguajes/html/lecciones/insertar-flash-html.php
Aca esta por el Icono feo ese jaja

tambien como wrapper, en caso de que tu.swf tenga contenido dinamico, en el caso de incluirlo desde multimedia en un custom_HTML no te carga el contenido dinamico, ya que las rutas aveces no las encuentra. por eso, siempre que tengo un swf con contenido dinami, prefiero insertarlo desde un wrapper. ejemplo, el lector de clima que tengo en http://www.opinionsur.cl

Espero te sirva !!!