antes que nada mira este tutorial para ver si algo no esta bien configurado:
http://www.joomlaempresa.es/es/gestion-de-componentes/121-manual-de-usuario-frontpage-slideshow-.html

yo revisaría el ultimo parametro de la configuración (de la imagen ultima)

"thumbnail viewport width" (traducido: ancho de las miniaturas) dice 65px
usa un valor mas pequeño para que entren todos en una linea.
(haz un calculo entre el espacio que tienes y la cantidad de miniaturas + flechas d navegacion+ pause)

lo único decible es que te fijes de no tener el cache activado para el modulo

lo mejor que puedes dejar para ayudarte es un link al sitio, asi se puede ver si algún estilo perteneciente a la plantilla afecta al slide
al menos que esperes a alguien que haya tenido el mismo problema alguna vez.
suerte