hola amigo fijate si tenes el menu en la posicion -1 seguro es eso y si lo tenes habilitado
saludos

yo me baje este y funca al 100%
http://www.taringa.net/posts/downloads/14936015/Artisteer-3_1_0_48375-Edicion-Estandar.html

HOLA¡, ESTABA EN LAS MISMAS QUE TU Y ME ENCONTRE CON ESTA SOLUCION MUY ACERTADA PLANTEADA POR samcm (http://www.joomlaspanish.org/foros/members/samcm/),
Y ME A SOLUCIONADO TAL COMO LO NECESITABA:

"Hola un poco tarde pero segun a lo que te entiendo, es que quieres que aparezca tu menú personalizado con Artisteer. (No hay soporte tecnico para software de paga pero espero ayudarte bien)
Ya que tienes instalada tu plantilla en Joomla!.
Sigue estos sencillos pasos.
1.- Entra a la Administración de tu Sitio (http://www.tudominio.com/administrator)
2.- Vete a la pestaña de "Extensiones" y Selecciona la Opción de "Gestor De Modulos"
3.- Te recomiendo si no tienes nada de tu página solo lo que está por defecto en Joomla!. Elimina todo lo que está en el Gestor de Módulos.
4.- Te vas a la pestaña de Nuevo, y Seleccionas la opción de Menú. Le das siguiente.
5.- Bien, ahora vas a ubicarte en la opción de "Posición" (Por defecto viene Left)
6.- Vas a posicionarte ahí y vas a buscar la opción "user3"
7.- Le das Guardar.
8.- Listo ya tienes tu menú personalizado.
9.- El resto ya sabes para editar el Menú solamente Te vas al gestor de Menú
Y en automatico debe aparecerte.
Espero haberte ayudado. "

ESPERO TE AYUDE TAMBIEN

Hola otravez yo....descubri algo interesante, en mi caso estoy utilizando artister 3.1 y joomla 2.5.6, ....cuando vas a exportar la plantilla joomla desde el artister, hay 2 opciones para elegir las posiciones que son las tradicionales left, right, button, user1, user2...... cuado eliges esta opcion al intalar la plantilla no salen los menus, y toca recurrir a la opcion que site anteriormente, pero¡¡¡ si por el contrario seleccionas la otra opcion que es por posiciones : position-1, position-2..... al instalar la plantilla en joomla la visualiza correctamente

Simple, como ya te dijieron, debes darte cuenta tu modulo de menu, en que posicion esta... debe coindicir con lo que quieres