Desfragmenta el disco duro y comprueba por linea de comandos con chkdsk en una ventana con privilegios de administrador

bajate el tune up y chau a problemas de tiempo de arranque en programas o en el encendido/apagado de la maquina, en una de esas tenes fragmentado el disco, no usas ningun programa de limipieza como un ccleaner o algo parecido? lo merjo que te puedo recomendar es eso el tune up te mantiene al tanto constantemente de las cosas que tiene la maquina tanto problemas como procesos optimizados

El comando chkdsk es para comprobacion de errores en la unidad y agilizarla, asi como corregir este tipo de errores.
Si comprobaras C: escribe esto chkdsk /f /r /x C: y te va a decir que si deseas hacer comprobar en el proximo reinicio, le dices que si y reinicias, reiniciara y empezara a comprobar tarda mucho tiempo esto, asi que toma tu tiempo, y no es problema del micro si no no pudieras iniciar la maquina, estos problemas son muy comunes en discos duros.