Aquí hay 2 aplicaciones gratuitas para organizar la barra de tareas:

Taskbar Shuffle


Reorganiza las aplicaciones y ventanas minimizadas en la barra de tareas

Taskbar Shuffle es una de esas sencillas herramientas que una vez las conoces, te preguntas por qué nadie las había inventado antes. Se trata de una utilidad que añade una nueva funcionalidad a la barra de tareas de Windows: la posibilidad de reordenar todas las ventanas que tengas minimizadas, simplemente arrastrándolas con el ratón hasta conseguir el orden deseado.

Así, si te gusta tener tus programas y ventanas organizados de una cierta forma, aquí tienes justo lo que necesitas para conseguirlo.
• Cambios recientes:
Puede reorganizar los iconos del Área de notificación
No necesita instalación y no guarda la configuración en el Registro
Correcciones
Compatible con Windows Vista

Descarga
http://webzoom.freewebs.com/nerdcave/downloads/ts2.2_setup.exe


RBTray


Es una herramienta pequeñisima que se encarga de minimizar la aplicación que escojas en la barra de tareas (a lado del reloj) simplemente presionando el boton derecho y seleccionando "minimize to tray" o con el atajo "Win+T"

Descarga
http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=182162&package_id=211237&release_id=502091



Ah se me pasaba, RBTray no va con Vista.