Este es un pequeño truco para poder ver de nuevo esas carpetas y archivos ocultos:

El primer paso es conectar nuestra memoria USB y observar que letra se le asigna a dicha unidad, en este caso será la letra F:

Inicio > Ejecutar (también podemos presionar las teclas Windows + R)
Escribimos cmd, cuando el sistema nos muestre el icono de cmd, hacemos click con el segundo botón y seleccionamos "ejecutar como administrador"
se abre la ventana tipo ms-dos
Ahora escribiremos lo siguiente :
attrib -s -h -r f:/*.* /s /d
La letra f: habrá que cambiarla por la letra de la unidad que ha sido asignada a tu memoria (Puedes verlo desde Mi PC o Mi Equipo)
Pulsamos Enter
Listo!
aparecen todos los archivos ocultos por los virus, les recomiendo que muestren las extensiones de los archivos y asi ustedes mismos eliminaran los virus, mostrar las extensiones se consigue dirigiéndose a opciones de carpeta, en la ventana que aparece buscamos la pestaña "ver" y en la lista buscamos la opción "ocultar las extensiones de archivo", aparece tildada y la vamos a destildar.
Ahora solo queda eliminar todos los .exe que es el virus duplicado.
Importante es analizar nuestra memoria con un antivirus actualizado y comprobar que nuestro sistema no esta infectado también.

No incluyo imágenes pues tan solo en la practica veremos que esto funciona.
Espero puntos y agradecimientos.
Fuente: http://informaticaxp.net/truco-como-ver-carpetas-y-archivos-ocultos-por-un-virus-en-una-usb