Si estás trabajando con el sistema operativo Windows XP, NTFS es la elección mas obvia. Es mas potente y ofrece mayores ventajas de seguridad en comparación. Pero hagamos una comparación sobre los distintos sistemas de ficheros en Windows. Hay básicamente 3 sistemas de ficheros distintos: FAT16, FAT32 y NTFS.

FAT16
El sistema de ficheros FAT16 fue introducido en el año 1981, casi a la para de MS-DOS y prácticamente está casi en desuso. Fue diseñado originalmente para gestionar ficheros en un “floppy drive” o disco blando, y se modifico con el paso del tiempo para que pudiera hacerlo en disco duros. La mayor ventaja de FAT16 es que es compatible en varios sistemas operativos incluyendo Windows 95/98/Me, OS/2, Linux, y algunas versiones de de UNIX.

El mayor problema de FAT16 es que tiene un número máximo fijo de clusters por partición, por lo que según los discos duros se hacen mas grandes, el tamaño de cada cluster se hace a su vez mas grande. En una partición de 2 GB, cada cluster tiene 32 kilobytes, lo cual significa que hasta el fichero mas pequeño de la partición ocupará 32 KB de espacio. FAT16 no soporta compresión, encriptación.

FAT32
El sistema de ficheros, originalmente introducido en Windows 95 Service pack 2, es en realidad una extensión de FAT16 y provee de un número mayor de clusters por partición. Como tal, mejora considerablemente la utilización del disco comparada con FAT16. Sin embargo también comparte algunas limitaciones y un problema añadido, algunos sistemas operativos que reconocen FAT16 no funcionarán con FAT32. Aun así, en sistemas operativos mas antiguos como Windows 95 o 98, FAT32 se usa de forma mas corriente.

NTFS
El sistema de ficheros NTFS se introdujo con la primera versión de Windows NT, y es totalmente distinto de FAT. Provee de mucha mas seguridad, compresión fichero por
fichero y encriptación. Es el sistema de ficheros por defecto para nuevas instalaciones como Windows XP o 2000, y si vas a actualizar una versión previa de Windows, se te
preguntará si quieres convertir tu sistema de ficheros a NTFS.

Puedes convertir FAT16 o FAT32 a NTFS en cualquier momento. El problema será volver atrás ya que tendrías que reformatear el disco y será algo mas complicado.

Las ventajas que tiene sobre FAT son sobre todo la forma de tratar las estructuras de datos para mejorar el rendimiento, la fiabilidad y el uso del espacio en disco. Las mejoras de seguridad incluyen el soporte de listas de acceso.

NTFS utiliza una tabla de ficheros maestra (MFT) para localizar todos los ficheros dentro de un volumen NTFS. Todos los datos críticos son duplicados para permitir recuperación en caso de errores, asegurandose de que la perdida en un sector no significará la perdida de toda la partición. También puede recuperar datos de un sector dañado y asegurar de que ese sector no sea usado de nuevo.
Ha sido un sistema de archivos más eficaz que FAT y FAT32. En Windows 2000, Windows XP y la familia Windows Server 2003 se incluye una nueva versión de NTFS, compatible con varias características, entre las que se incluyen Active Directory, que es necesaria para los dominios, las cuentas de usuario y otras características de seguridad importantes.

FAT y FAT32 son similares entre sí, excepto en que FAT32 está diseñado para discos de mayor tamaño que FAT. El sistema de archivos que trabaja de forma más sencilla con discos grandes es NTFS.

Compatibilidad con Sistemas Operativos:
NTFS
Un equipo en el que se ejecute Windows 2000, Windows XP o un producto de la familia Windows Server 2003 puede tener acceso a los archivos de una partición NTFS local.

Un equipo que ejecuta Windows NT 4.0 con Service Pack 5 o posterior puede tener acceso a algunos archivos. Los demás sistemas operativos no permiten el acceso local.

FAT
El acceso a los archivos de una partición local está disponible mediante MS-DOS, todas las versiones de Windows y OS/2.

FAT32
El acceso a los archivos de una partición local sólo está disponible a través de Windows 95 OSR2, Windows 98, Windows Millennium Edition, Windows 2000, Windows XP y

los productos de la familia Windows Server 2003.


Posibles tamaños de archivo y disco con cada sistema de archivos:
NTFS
El tamaño mínimo de volumen recomendado es aproximadamente de 10 MB.

El tamaño máximo de volumen y partición comienza en 2 terabytes (TB) y va aumentando. Por ejemplo, un disco dinámico formateado con un tamaño de unidad de asignación estándar (4 KB) puede tener particiones de 16 TB menos 4 KB. Para obtener más información acerca de los tamaños máximos de volumen y partición.

El tamaño máximo de archivo es potencialmente de 16 TB menos 64 KB, aunque el tamaño de los archivos no puede ser mayor que el volumen o la partición que los contiene.

FAT
Volúmenes del tamaño del disco hasta 4 GB.
No admite dominios.

El tamaño máximo de archivo es 2 GB.

FAT32
En los volúmenes con un tamaño entre 33 MB y 2 TB se puede escribir y leer con los productos incluidos en la familia de Windows Server 2003.

A los volúmenes con un tamaño de hasta 32 GB se les puede dar formato FAT32 mediante los productos incluidos en la familia Windows Server 2003.

Fuente
Mas info del sistema FAT
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