Problema

Me paso que Luego de instalar Docky quise probar con Plank...

en definitiva no me gusto Plank, lo eliminé y chan!!!... al iniciar Docky tomaba la apariencia de Plank y hasta su Ventana de configuración.
Tu Docky funciona como Plank?

Intente:

sudo apt-get remove --purge Docky... y tb Plank

luego intentaba reinstalar Docky desde Muon (centro de software KDE), Synaptic, Terminal, culminando siempre con el mismo problema.

Incluso compilándolo desde su código fuente!

Solución!

1.Eliminar el repositorio de Plank: repository ppa:ricotz/docky desde orígenes de Software de Synaptic o su gestor de software

2. eliminas completamente Docky:
sudo apt-get remove --purge docky

y sus archivos extras con:
sudo apt-get autoremove

3. reinstalas Docky con todo sus juguetes
sudo apt-get install -f docky

y listo
Ubuntu

Me estaba volviendo loco, saludos a la comunidad y gracias totales!