Generalmente uno de los problemas con las memorias USB radica en que la tabla de particiones puede dañarse o pueden estar formateadas con algún sistema de archivos poco estándar. A todos nos pasó alguna vez que luego de formatear locamente un pendrive, éste dejó de ser reconocido por Windows o algún reproductor de DVD. Bueno, he aquí la solución a este problema.
Como Reparar una memoria USB


Reparar memorias USB con GParted

La forma más cómoda de reparar un memoria es con GParted.

Para instalarlo en Ubuntu, sería:
sudo apt-get install gparted

Una vez instalado, abrí gparted. Luego abrí el menú Gparted > Dispositivos > /dev/sdb. Seleccioná la unidad en cuestión, hacé clic derecho > Desmontar.
Todo lo que resta hacer es borrar la partición actual, crear una partición FAT32 y aplicar los cambios.
En caso de error, accedé a las opciones avanzadas en la misma ventana de error y seleccioná Crear una tabla de particiones del tipo msdos. Después repetí el proceso.
Una vez la partición esté creada, hay que formatearla en FAT32. Finalmente, aplicá los cambios.

Reparar memorias USB con fdisk


Todos hemos tenido problemas con las memorias USB (dejan de funcionar misteriosamente, no monta bien, etc). Esto pasa porque normalmente no está bien la tabla de particiones. Esta es la solución para resolverlo mediante fdisk.

Para detectar el nombre del dispositivo usb:

sudo fdisk -l

Luego, para reparar la memoria:

fdisk NOMBRE
donde NOMBRE es el nombre del dispositivo (ej.: /dev/sdb)

Seleccioná o -> Borrá la tabla de particiones.
Seleccioná n -> Creá una particion.
Seleccioná p -> Esta partición será la primaria.
Seleccioná 1 -> Que sea la primera particion.
Te preguntará por el tamaño, si querés que la partición ocupe todo, dale los a los valores por defecto.
Seleccioná t -> Elegí el tipo de formato de la partición.
Seleccioná c -> Para FAT32.
Seleccioná w -> Para que se escriban los datos en el USB.
Finalmente, formateá la partición creada como FAT32:
mkfs.vfat -F 32 NOMBRE
donde NOMBRE es el nombre de la partición (ej.: /dev/sdb1).

Fuente: http://usemoslinux.blogspot.com/2011/01/como-reparar-una-memoria-usb.html