El Microscopio electrónico de barrido o SEM (Scanning Electron Microscope), es aquel que utiliza un haz de electrones en lugar de un haz de luz para formar una imagen. Tiene una gran profundidad de campo, la cual permite que se enfoque a la vez una gran parte de la muestra.

Un microscopio óptico es un microscopio basado en lentes opitcos. También se le conoce como microscopio de luz, (que utiliza luz o "fotones" ) o microscopio de campo claro. El desarrollo de este aparato suele asociarse con los trabajos de Anton van Leeuwenhoek.

Un microscopio simple es aquel que utiliza un solo lente de aumento. Es el microscopio más básico. El ejemplo más clásico es la lupa. El microscopio óptico estándar utiliza dos sistemas de lentes alineados.

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Un microscopio compuesto es un microscopio óptico que tiene más de un lente de objetivo. Los microscopios compuestos se utilizan especialmente para examinar objetos transparentes, o cortados en láminas tan finas que se transparentan.

Microscopio de Luz ultravioleta: La lente, que habitualmente es de vidrio es sustituida por lentes de cuarzo y la iluminación se produce por unas lámparas de mercurio. No usa filtros y se observa en placas fotográficas. La variedad de fluorescencia, si usa filtros, y la observación es directa

El microscopio de fluorescencia es una del microscopio de luz ultravioleta en el que los objetos son iluminados por rayos.

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El microscopio petrográfico o de polarización se utiliza para identificar y estimar cuantitativamente los componentes minerales de las rocas ígneas y las rocas metamórficas.

El microscopio de campo oscuro utiliza un haz enfocado de luz muy intensa en forma de un cono hueco concentrado sobre el espécimen

El microscopio de contraste de fases permite observar células sin colorear y resulta especialmente útil para células vivas. Este aprovecha las pequeñas diferencias de los índices de refracción en las distintas partes de una célula y en distintas partes de una muestra de tejido

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Los microscopios de luz polarizada son microscopios a los que se les han añadido dos polarizadores (uno entre el condensador y la muestra y el otro entre la muestra y el observador).

El microscopio confocal es un microscopio que emplea una técnica óptica de imagen para incrementar el contraste o reconstruir imágenes tridimensionales utilizando un "pinole" espacial (colimador de orificio de limitante) para eliminar la luz desenfocada o destellos de la lente en especímenes que son más gruesos que el plano focal.

Un microscopio electrónico es aquél que utiliza electrones en lugar de fotones o luz visible para formar imágenes de objetos diminutos.

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Un microscopio electrónico de transmisión (TEM, por sus siglas en inglés, o MET, en español) es un microscopio que utiliza un haz de electrones para visualizar un objeto, debido a que la potencia amplificadora de un microscopio óptico está limitada por la longitud de onda de la luz visible.

La microscopía de iones en campo (FIM) es una técnica analítica empleada en ciencia de materiales.

Un microscopio de sonda de barrido (también llamado SPM por sus siglas en inglés Scanning Probe Microscopy) es aquel que tiene el transmisor en la parte exequimal del lente.

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Un microscopio de efecto túnel (STM por sus siglas en inglés) es un instrumento para tomar imágenes de superficies a nivel atómico. Su desarrollo en 1981 hizo ganar a sus inventores, Gerd Binnig y Heinrich Rohrer (de IBM Zürich), el Premio Nobel de Física en 1986

El Microscopio de fuerza atómica (AFM, de sus siglas en inglés Atomic Force Microscope) es un instrumento mecano-óptico capaz de detectar fuerzas del orden de los piconewtons

La microscopía virtual es un método de revisión y transmisión de imágenes provenientes de un microscopio a
través de redes informáticas.

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