Aca les dejo un video detallado para eliminar virus del USB.
Espero que les sirva





link: http://www.videos-star.com/watch.php?video=gEqMjDOs79Q


Si eliminaron los virus, tambien pueden hacer para evitar el ingreso a cualquier virus, es crear una nueva carpeta con el nombre y la extension del virus que podria entrar por la USB.
Ejemplo: Si el virus se llama "autorun.inf" crean una carpeta con ese nombre.