El juego tiene lugar cerca de un año después el juego anterior, en el año 2010. Ahora, Regina está en una nueva misión, envuelta en una instalación localizada cerca de una ciudad llamada Edward City.
Una anomalía ha causado que todo el lugar sea transportada al pasado, en el tiempo de la era de los dinosaurios, junto con todos los habitantes humanos. Regina tiene un nuevo aliado: Dylan Morton, quien tiene una extraña conexión con los eventos de la isla (El mando del jugador alterna entre Regina y Dylan en puntos específicos del juego). El equipo de búsqueda y rescate, llamado T.R.A.T., se ha enviado a la selva para averiguar que sucedió con Edward City, sus habitantes y las instalaciones de investigación, además de intentar recuperar los documentos de investigación de la Tercera Energía.
Una anomalía ha causado que todo el lugar sea transportada al pasado, en el tiempo de la era de los dinosaurios, junto con todos los habitantes humanos. Regina tiene un nuevo aliado: Dylan Morton, quien tiene una extraña conexión con los eventos de la isla (El mando del jugador alterna entre Regina y Dylan en puntos específicos del juego). El equipo de búsqueda y rescate, llamado T.R.A.T., se ha enviado a la selva para averiguar que sucedió con Edward City, sus habitantes y las instalaciones de investigación, además de intentar recuperar los documentos de investigación de la Tercera Energía.