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Solución: Chrome no reconoce que Java esté instalado.

Problema:

El navegador Chrome no reconoce que Java esté instalado en la computadora aunque el software de Java si esté instalado en su última versión en el computador.

Fecha en que inicia a presentarse el problema: Abril 2015.

Causa:

El plugin de Java para exploradores Web se basa en la arquitectura de plugin de plataforma cruzada NPAPI, que está soportada desde hace tiempo, y actualmente, por todos los principales exploradores Web. Google anunció en septiembre de 2013 sus planes para eliminar el soporte NPAPI de Chrome a "finales de 2014"; esto supondrá la eliminación del soporte para Silverlight, Java, Facebook Video y otros plugins similares basados en NPAPI. Recientemente, Google ha revisado sus planes y ahora afirma que tiene planificado eliminar completamente NPAPI a finales de 2015. Puesto que no queda claro si estas fechas se ampliarán o no, se recomienda encarecidamente a los usuarios de Java que estudien otras alternativas a Chrome tan pronto como sea posible. En su lugar, se recomienda Firefox, Internet Explorer y Safari como opciones a largo plazo. A partir de abril de 2015, con Chrome versión 42, Google ha agregado un paso adicional a la configuración de la ejecución de plugins basados en NPAPI.

Razón que brinda Google para justificar la acción:

Google dijo en un blog que planea hacer que el navegador Chrome sea más rápido y seguro con la eliminación de los problemas de seguridad e inestabilidad que pueden introducir al Chrome los plugins de la interfaz de programación para aplicaciones de Netscape (NPAPI, por sus siglas en inglés).

Algunos plugins populares que serán eliminados son Microsoft Silverlight, Java, el plugin de los juegos Unity y hasta Google Earth.
Los plugins son una reliquia de la era del desarrollo de los navegadores. Pueden ser una fuente de problemas porque reciben acceso al código del navegador pero no son actualizados con la misma frecuencia que los navegadores. Este conflicto puede presentar problemas de seguridad y estabilidad.

Sistemas operativos afectados:

Chrome en Windows 64-Bits.
A partir de la versión 37, Chrome está disponible en formato de 64 bits en Windows. Cuando se ejecuta Chrome de 64 bits, el usuario también debe tener Windows y Java para 64 bits instalados.

Java y Chrome en Mac OS X.
Se requiere un explorador de 64 bits para ejecutar Oracle Java de 64 bits en Mac OS X. Chrome de 64 bits para Mac está disponible desde la versión 39 de Chrome.

Chrome y Linux.
A partir de la versión 35 de Chrome se eliminó el soporte de NPAPI (Netscape Plug-in API) para la plataforma Linux.
Firefox es el explorador recomendado para Java en Linux.

Solución:

Activación de NPAPI en Chrome versión 42 y posteriores
A partir de Chrome versión 42, es necesario realizar un paso de configuración adicional para poder seguir utilizando plugins NPAPI.

1. En la barra de URL, introduzca:
chrome://flags/#enable-npapi

2. Haga clic en el enlace Habilitar/Activar para acceder a la opción de configuración Activar NPAPI.

3. Haga clic en el botón Volver a iniciar que ahora aparece en la parte inferior de la página de configuración.

¡LISTO!

PD. Recuerden que esta es una solución temporal puesto que Google tiene planeado retirar el soporte para Java en su explorador Chrome.

Fuentes:

https://www.java.com/es/download/faq/chrome.xml

http://chrome.blogspot.com/2014/05/protecting-chrome-users-from-malicious.html