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Genoma y Laboratorios - Una red de 800 supercomputadoras

Una gran revolución en la biotecnología

La decodificación del genomma humano no hubiera sido posible sin la ayuda de un entramado tecnológico de última generación. Los laboratorios que participan del proyecto utilizaron computadoras de altísimo poder, además de cientos de kilómetros de fibra óptica y cable de cobre.

La empresa Celera Genomics, líder en biotecnología, ingresó en la carrera por el trazado del mapa del genomma recién en 1995, cinco años después del puntapié inicial del Proyecto Genoma Humano, el instituto internacional financiado con fondos públicos dirigidos por Francis Collins. Pero Celera logró ponerse a la cabeza, gracias a sus 800 supercomputadoras.

Impostergable

"Los descubrimientos no pueden esperar", es el lema de Craig Venter, presidente de Celera.

Su apuesta para alcanzar la meta de ser el primero en trazar el orden genético humano se basó en un entramado de secuenciadores robotizados, potentes computadoras que trabajan en paralelo, enormes bases de datos y una compleja red de telecomunicaciones.

El consorcio público, por su parte, también invirtió en las computadoras más potentes y veloces, capaces de procesar el enorme caudal de información proveniente de las detalladas investigaciones.

De la mano de su gran potencia tecnológica, y decididos a ganar la carrera por descifrar el genomma, los científicos de Celera dividieron la larga cadena de ácido desoxirribonucleico (ADN) - el material que conforma los genes - en tantos trozos como sus máquinas fueran capaces de leer.

Este método, llamado shotgun, permitió leer nada menos que unos tres millones de fragmentos de ADN.

La secuenciación de ests porciones se realizó en tiempo récord. Según datos de Celera, los secuenciadores robotizados que se usaron tienen capacidad para efectuar 300.000 reacciones químicas con las que se pueden generar 150 millones de pares de subunidades de ADN, las letras químicas que codifican el funcionamientos del organismo humano.

Así, bastaron poco más de siete meses para leer los más de 3.000 millones de pares de letras.

Las computadoras de Celera trabajaron en paralelo para lograr la más alta potencia conocida hasta ahora en el campo de la genómica y entre las mayores en el ámbito de las aplicaciones civiles.

Las cuatro letras base que dan forma al código genético (A, C, G y T, las iniciales de adenina, citosina, guanina y tímina) responden a unas reglas muy precisas. Primero se juntaron en pares, y cada tres pares se combinan para codificar cada uno de los 20 aminoácidos diferentes que existen en el organismo humano.

Cientos de aminoácidos forman una proteína, que es algo así como la expresión de un gen.

Para identificar las decenas de miles de genes que forman el genomma humano hace falta ordenar correctamente todas las letras: ése es el trabajo de secuenciación y ensamblaje.

A pesar de la capacidad y velocidad de las máquinas, todavía quedan obstáculos por sortear.

En la secuenciación realizada por Celera quedan 40.000 agujeros negros, en los que podría haber información relevante. Por otra parte, no se sabe hasta qué punto la recomposición de los fragmentos será fiel a su estructura original.

Pero entre los miles de científicos involucrados en este proyecto en todo el mundo, cientos están abocados a desarrollar nuevos programas informáticos capaces de realizar los complejísimos cálculos implicados en estas investigaciones.

Base de datos

Además, gigantescas bases de datos ayudan a los científicos a intercambiar información y a comparar secuencias de proteínas, de estructuras moleculares o genommas de otros organismos.

La vertiginosa carrera informática desparada a partir del proyecto del genomma humano promete novedades hasta hace poco impensables.

Según informó la agencia AFP, la empresa IBM planea construir en el año 2004 la compatudora más poderosa del mundo, Blue Gene (Gen Azul), con una capacidad de mil billones de operaciones por segundo.

Esta máquina permitirá modelar los movimientos de decenas de miles de átomos de una proteína en pleno proceso de plegarse. Un problema de química molecular que, con los métodos actuales, exigiría 300 años de cálculo.


fuente: http://www.humangenomeinfo.com.ar/index.php?option=com_content&view=article&id=54:una-red-de-800-supercomputadoras&catid=34:genomalab&Itemid=53

Espero que les interese!!!!! Saludos!

4 comentarios - Genoma y Laboratorios - Una red de 800 supercomputadoras

desimari
Espero que les interese!!!!! Saludos!
Nooo, no me interesa para nada

Por eso no me lo llevo a favoritos ni pienso volver a leerlo
desimari
Genoma y Laboratorios - Una red de 800 supercomputadoras

Por qué sale eso? Cómo que no existe? Si acá está!