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Genoma y Laboratorios - Lab Genomes to Life

Los genomas del DOE a la Vida (GTL), el programa es único en el que pide "bien integrado, multidisciplinario (por ejemplo, biología, informática, matemáticas, ingeniería, informática, biofísica y la bioquímica), equipos de investigación," con un fuerte estímulo para que "incluya - en su caso, los socios de más de un laboratorio nacional y de las universidades, instituciones de investigación privadas y empresas. "orientación es esencial para el programa de GTL para cumplir con sus cuatro objetivos ambiciosos:

Objetivo 1: Identificar y caracterizar las máquinas moleculares de la vida - los múltiples complejos de proteínas que se ejecutan las funciones celulares y regulan la forma de la célula.

Objetivo 2: Caracterización de las redes reguladoras de genes.

Objetivo 3: Caracterizar el repertorio funcional del complejo de comunidades microbianas en sus ambientes naturales en el nivel molecular.

Objetivo 4: Desarrollar los métodos de cálculo y las capacidades para avanzar en la comprensión de los complejos sistemas biológicos y predecir su comportamiento.


El trabajo descrito en nuestro proyecto se centra en la comprensión del comportamiento de la retención de carbono de Synechococcus sp. a través de métodos experimentales y computacionales. El esfuerzo principal de este trabajo es desarrollar métodos de cálculo y las capacidades (GTL Objetivo 4) para su aplicación a Synechococcus. Synechococcus es un microorganismo marino abundante importante para la fijación de carbono a nivel mundial y por lo tanto el tema de una investigación experimental dirigido por el Dr. Brian Palenik y financiado por la Oficina del DOE de Investigación Biológica y Ambiental de la célula microbiana Program (MCP). Dr. Proyecto de Palenik de MCP es altamente complementaria a nuestro esfuerzo, y está incluido en este esfuerzo como se discute a continuación.



Asegurar que nuestro proyecto es estratégico para el programa de GTL y que las capacidades desarrolladas son ampliamente aplicables a los problemas de la ciencia del Departamento de Energía de vida son los principales objetivos de este esfuerzo. Estas metas más grandes, no sólo puede ser visto en el debate de la labor técnica en esta propuesta, pero también en nuestro plan de gestión de proyectos. La filosofía, compartida por investigadores principales del proyecto, Heffelfinger y Geist (de Sandia y Oak Ridge, respectivamente), así como por el equipo más grande como un todo, de cómo este trabajo se llevará a cabo es que el esfuerzo es un proyecto único , orientados al desarrollo y la aplicación de las capacidades de cómputo para Synechococcus, con utilidad final para su aplicación a la mayor comunidad de ciencia de vida DOE. Con este fin, se hará todo lo posible para garantizar que cinco de nuestra propuesta de subproyectos,

Elucidación Experimental de máquinas moleculares y redes de reglamentación en Synechococcus SP.
Computacional descubrimiento y caracterización funcional de Synechococcus SP. Las máquinas moleculares
Métodos computacionales para la caracterización a escala del genoma de Synechococcus SP. vías de regulación
Los modelos de la biología de sistemas para la Synechococcus SP.
Entornos de trabajo en biología computacional y la infraestructura de
están muy integrados, no sólo en tanto sus objetivos técnicos, así como de sus investigadores y organizaciones participantes.

Nuestro esfuerzo incluye a participantes de cuatro laboratorios de DOE (Sandia National Laboratories, Oak Ridge National Laboratory, Lawrence Berkeley National Laboratory y Los Alamos National Laboratory), tres universidades (U Michigan, UC Santa Barbara, y U Illinois en Urbana / Champaign), y cuatro (institutos de El Centro Nacional de Recursos Genómica, del Instituto Scripps de Oceanografía, el Instituto de Ciencia Molecular, y el Instituto Mixto de Ciencia Computacional). Nuestro enfoque es altamente interdisciplinaria porque se trata de investigadores con formaciones que van desde la biología hasta la física a las matemáticas. La capacidad de ser desarrollados son igualmente diversos, que van desde nuevos métodos experimentales para ampliaciones de los sistemas operativos en paralelo masivo. Es por estas razones que el éxito final de este esfuerzo dependerá en gran medida nuestra capacidad para integrar a través de estas dimensiones para construir y aplicar las capacidades más que la suma de sus partes. Más información sobre este proyecto se puede encontrar en nuestro cuaderno de proyecto (protegido por contraseña).

Fuente: http://www.genomalaboratorio.com.ar/index.php?option=com_content&view=article&id=4:genomes-to-life&catid=1:genoma&Itemid=5

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